Историк. Окончил Московский университет. Преподавал русскую историю в 1-й московской гимназии, Новороссийском (в Одессе) университете, с 1886 г. профессор. Темы магистерской и докторской диссертаций посвящены проблемам освоения Поволжья XV – начала XVIII вв. По своим историческим взглядам являлся сторонником государственной школы. Его труды написаны в рамках колонизационной концепции его учителя С.М. Соловьева. Значительное место в трудах Пекарского занимают вопросы освоения Южного Средневолжья, в т.ч. и Самарского края. Впервые в отечественной историографии подробно рассмотрел особенности начального освоения Самарской Луки и Сызранского Правобережья в XVII в., дал комплексную характеристику колонизации Самарского Поволжья.